伊吹山四大護国寺の一つ。平安時代中期には、国家公認の官大寺・勅願寺に次ぐ定額寺に昇格しました。毘沙門堂に安置されている天部形立像と毘沙門天立像はともに県指定文化財。長尾寺の遺跡散策・巡拝コースは、毘沙門堂から杉木立の中を歩くことおよそ1km約30分で巡ることができます。山野草の宝庫でもあります。