伝教大師として知られる最澄が談議所を開いたのに始まり、のちに比叡山延暦寺の別院となりました。織田信長をはじめ、豊臣秀吉、小早川秀秋などの武将が宿営した記録や、「石田三成十三ヶ条成菩提院村掟書」が残る寺院。絹本著色聖徳太子像や金剛雲形孔雀文磬など多くの文化財を所蔵しています。