大田寺は真言宗豊山派。「淡海小間攫」(おうみこまざらえ)には長浜総持寺末寺として薬師如来と共に名が残っています。

薬師如来坐像は平安時代後期の作と伝わり、重要文化財に指定されています。近隣の瓜生薬師堂に安置される薬師如来像（重文）とは同じ時期に同じ木から作成されたという伝承が残っています。