湖北地方は真宗信仰の篤い地域であり、長浜別院大通寺とともにその活動の中心となっているのが五村別院です。五村別院は、慶長2年(1597年)頃、地元の有力者・大村刑部左衛門らが、本願寺第12世教如上人に寺地を寄進し、質素な聞法道場を建立したのが始まりとされています。「五村御坊」とも呼ばれ、教如上人や本願寺の教団を強く支えた湖北の門徒ゆかりの寺として、重要な役割を果たしてきました。
境内は、東西７８間、南北６２間。本堂、表門、書院、大広間などで構成されており、広大で厳かな景観を見せています。
現在に本堂は、享保15年(1730年)に再建されたもので、湖北地方を拠点に活動していた宮大工・西嶋但馬元親の力強い作風が要所に見られ、表門(延宝2年(1674年))と共に国の重要文化財に指定されています。
本堂西南にある廟には、教如上人の遺骨が納められ、上人の命日にちなんだ「五日講」の法要(10月5日)が盛大に営まれるなど、地域の人々にとって大切な信仰の場として息づいています。