羽柴秀吉が長浜城主だった天正４年１０月１４日、最初の嫡男秀勝公が長浜城内で夭折したと伝わっています。妙法寺は秀勝の菩提で、本堂前の小堂にはうっすらと金箔や漆が残る墓石が納められています。

かつては長浜八景のひとつとして賑わい、寺の周囲は今も長浜一の歓楽街となっています。